Sur la base d’une évaluation des probabilités d’extinction, chaque espèce est soit classée dans l’une des cinq catégories de menace (cat. de 0 à 4) soit qualifiée de non menacée (cat. 5). Seules les espèces indigènes ont été évalués. Les eaux suisses sont actuellement colonisées par 62 espèces ou sous-espèces appartenant à la faune piscicole dont 15 sont considérés comme non indigènes. Par rapport à la liste rouge de 1994, huit espèces ont été placés dans une catégorie de menace supérieure, alors que le degré de menace a pu être réduit pour neuf autres espèces. Cela s’explique en partie par le fait que la dernière évaluation s’appuie sur une base de données plus complète et sur de nouvelles connaissances.

Le bilan plus détaillé

• 8 espèces ont disparu de Suisse au cours des 100 dernières années (cat. 0) : lamproie de rivière, esturgeon de l’Atlantique, esturgeon de l’Adriatique, grande alose, alose feinte, saumon, truite de mer, huchon; ce qui représente 14% de toutes les espèces présentes dans les eaux suisses.
•    6 espèces sont en danger critique d’extinction (cat. 1): loche d’étang, roi du Doubs, sofie, savetta, truite marbrée, nase.
•    5 espèces sont en danger (cat. 2): truite de lac, ghiozzo, alborella, petite lamproie, bouvière.
•    13 espèces ont le statut de vulnérables (cat. 3) dans la liste rouge.
C’est ainsi que plus de 58 % des espèces de poissons suisses font partie de la liste rouge  (cat. de 0 à 3).
• 9 espèces sont «potentiellement menacées» (cat. 4)
•    14 espèces sont d’une préoccupation mineure et classées comme «non menacées» (cat. 5).

Une analyse montre que le risque de diminution des peuplements de la faune piscicole est d’autant plus grand que le mode de vie de l’espèce est spécialisé. Cela s’applique aussi bien au mode d’alimentation de l’espèce, à sa spécificité au substrat en période de reproduction ou encore à ses migrations. Ainsi, le nase, espèce présentant un haut degré de spécialisation dans son alimentation (uniquement des diatomées), est menacé d’extinction.
Plus de la moitié des espèces se nourrissant exclusivement de macroinvertébrés benthiques ou d’insectes volants se retrouvent dans les catégories 1 à 3 de la liste rouge. Chez les espèces omnivores, moins spécialisées, cette proportion n’est que de 25 %.
Il en va de même pour le substrat de frai: parmi les espèces lithophiles (tributaires d’un substrat de gravier pour leur reproduction), près de deux tiers des espèces existantes sont classés dans les catégories 1 à 3 de la liste rouge tandis que les espèces phytophiles (frayant dans la végétation aquatique) ne représentent que près d’un tiers.
Six des sept grandes espèces migratrices sont éteintes en Suisse. Parmi celles qui passent l’ensemble de leur cycle de vie au sein de plus petits secteurs de cours d’eau (migrants de courte distance), 45 % sont classées dans les catégories 1 à 3 de la liste rouge.
Généralement, les espèces peuplant les eaux vives sont plus fortement menacées que les habitants des eaux stagnantes ou les espèces qui peuvent vivre dans les deux types de milieux.